1997 год
Постановлением Правительства Республики Саха (Якутия) путем выделения из НАК «Саха Авиа» аэропортового комплекса образовано государственное унитарное предприятие «Аэропорт Якутск». Генеральным директором назначен А. А. Илларионов.

1998 год
Начаты регулярные полеты аэробуса А-310 по маршруту Якутск – Шереметьево.

1999 год
Указом Президента Республики Саха (Якутия) № 724 «О мерах по укреплению экономики» предписывается создание на территории аэропорта Якутск зоны экономического благоприятствования.

17-21 августа
В аэропорту Якутск проходит международный форум РАКГАТ-99, в рамках которого была проведена презентация аэропорта Якутск как запасного при выполнении циркумполярных полетов.
Начало реконструкции покрытия ИВПП-2 (искусственной взлетно-посадочной полосы), осуществление модернизации средств и систем посадки.

2000 год
Февраль
В аэропорту Якутск совершил посадку самолет Ту-214, прибывший для выполнения летных испытаний в условиях низких температур.

8 октября - 75-летие авиации Якутии.

Федеральные органы США совместно с группой зарубежных авиакомпаний класса «Боинг» провели обследование инфраструктуры аэродрома и деятельности служб, обеспечивающих обслуживание ВС и признали аэропорт Якутск запасным при выполнении кроссполярных полетов.
Склад временного хранения таможенных грузов оснащен системой «Янтарь 1П» для обнаружения делящихся ядерных материалов.

2001 год
Начата работа по обновлению спецтехники для обслуживания воздушных судов. (багажные машины, АПА, 2 АС, трапы, автотранспортер, автогрейдер)
Сертификация аэропорта и основных служб предприятия.

2003 год
Завершена реконструкция ИВПП-2.
В аэропорту "Якутск" произвел посадку самолет нового поколения Boeing 777-300ER.
Прошли испытания на работоспособность в условиях низких температур Ил-96, Аэробус А340.
Создана кинологическая служба.

2004 год
Январь. Авиакомпании United Airlines, North West, Cathay Pacific, Continental Airways, CCA открыли регулярные пассажирские полеты по кроссполярным маршрутам. По транссибирским воздушным трассам, проходящим через южную часть Якутии, выполняют полеты более 10 авиакомпаний, таких как FinnAir, ANA и JAL (Япония), Singapore Airlines, SpeedBird (Англия), Lufthansa, Аэрофлот, KLM, AirFrance и др.

Запущено в эксплуатацию светосигнальное оборудование IDMAN, отвечающее 1-ой категории ИКАО.
Состоялись испытания на работоспособность в условиях низких температур самолета-амфибии Бе-200 ЧС, предназначенного для спасательных операций и тушения крупных лесных пожаров, а также самолета А319 компании Airbus Industrie.
В состав аэропорта "Якутск" вошли служба наземного штурманского обеспечения полетов и ПКК "Аэроторгсервис", обеспечивающее авиакомпании бортовым питанием.
На грузовом складе открыта постоянная зона таможенного контроля.
Разработан и принят фирменный стиль предприятия (слоган, логотип и пр.).
Замена квази-электронной телефонной станции на цифровую АТС.
Декабрь. Проведены испытания на работоспособность в условиях низких температур нового российско-украинского самолёта Ту-334. По словам генерального конструктора, это была едва ли не лучшая серия наземных испытаний самолета.

 2005 год
С 1 марта АТС ГУП «Аэропорт Якутск» предоставляет абонентам новые виды обслуживания: подключение по цифровым линиям стандарта ISDN, а также предоставление пакета дополнительных видов обслуживания.
Приобретена снего- и пылеуборочная машина «Бошунг Джетбрум».
9 октября в аэропорту Якутск состоялось аэрошоу, посвященное 80-летию Авиации Якутии.

Закончена реконструкция ресторана «Лайнер».
Начало реконструкции грузового терминала.
Работниками Службы главного механика изобретены антитеррористические устройства принудительной остановки колесных транспортных средств «Барьер дорожный».

2006 год
Открыт регулярный международный рейс Якутск - Харбин (Китай).
Закончена модернизация светосигнального оборудования до 2 категории ИКАО. 10 июля ГУП «Аэропорт Якутск» получило удостоверение годности к эксплуатации системы светосигнального оборудования с огнями высокой интенсивности ОВИ-1 с МК-53 (с огнями приближения малой интенсивности) и ОВИ-2 с МК-233. В результате проверок комиссия ЦС ЭСТОП присвоила ССО аэропорта Якутск II категорию ИКАО.
Произведен ремонт первой рулежной дорожки, продолжены работы по реконструкции перрона, мест стоянок для воздушных судов.
Модернизация автоматизированной системы регистрации пассажиров в рамках подготовки к введению электронного билета.
Правительством Республики Саха (Якутия) принято решение о строительстве нового пассажирского терминала с пропускной способностью до 900 пассажиров в час.
Расширены зоны системы видеонаблюдения для обеспечения безопасности полетов.

Оснащение досмотровым оборудованием «Хомоскан» для персонального досмотра, интроскопами, металлоискателями, системами контроля-доступа
Приобретение спецтехники для обслуживания ВС (ТПС-22 и пр.).
10 августа создана инженерно-авиационная служба (ИАС) – структурное подразделение, которое осуществляет техническую эксплуатацию авиационной техники, подготовку воздушных судов к полетам.

В ноябре в Якутске в рамках международной недели качества в РС(Я) состоялся смотр-конкурс по различным отраслям в сфере услуг. По итогам конкурса гостиница «Лайнер» была награждена дипломом по номинации «За создание максимально благоприятных условий проживания и качественное обслуживание»

2007 год
Аэропорт Якутск получил допуск к приему воздушных судов Boeing 757 и А 319 и их модификаций.
В начале 2007 года ГУП «Аэропорт Якутск» заключил договор на поставку Единой комплексной системы управления ASNext, решающей задачи производственных служб аэропорта: планирование, учет, контроль и анализ авиатранспортных процессов. Согласно контракту, планируется внедрить практически все комплексы ASNext, а также комплексы «КУПОЛ», «ОКА», «СУРА».
Открылся официальный сайт ГУП «Аэропорт Якутск» www.airport-yakutsk.ru .
15 мая введена в эксплуатацию первая очередь грузового терминала аэропорта "Якутск".
Приобретены перегружатель паллет FMC Commander 15, буксировщик «Дуглас», перронный автобус, аэродромная пожарная машина и прочая техника.
В Аэропорту Якутск приступили к обслуживанию по электронным билетам.
Первые 2 пассажира рейса № 3263 с электронными билетами вылетели из Якутска 29 июня.

Работниками службы главного механика под руководством Александра Иннокентьевича Жарникова было сконструировано и смонтировано оборудование для нового грузового терминала (4 ленточных транспортера и разгрузочные столы для приемки груза). Оборудование было собрано в основном из имеющихся материалов и запчастей. Были использованы транспортеры от списанных интроскопов, подъемный механизм сделали на базе аэродромной машины АПК-10. Проект оказался с инженерной точки зрения более рациональным, чем дорогостоящее фабричное оборудование, предлагаемое компанией РОСЛАС». Экономия для предприятия составила 9 336 983 рубля.
16 сентября
Впервые Якутск принял самолёт Boeing 747-200, один из крупнейших самолётов в мире. На борту – племенные коровы из Австрии. Груз был успешно доставлен получателю.
Введена в строй современная система контроля доступа, система видеонаблюдения в здании аэровокзала.
28 октября ГУП «Аэропорт Якутск» отметило 10-летие. Одним из праздничных мероприятий было открытие 5 октября памятника Валерию Ильичу Кузьмину - заслуженному пилоту СССР, Герою Социалистического труда, заслуженному работнику народного хозяйства ЯАССР, депутату Верховного Совета ЯАССР, человеку, с именем которого связаны многие важные вехи истории авиации Якутии.
14 декабря в аэропорт Якутск прибыл для проведения испытаний инерциальной системы грузовой самолет Ил 96-400Т, принадлежащий авиакомпании правительства Москвы. Это был не просто испытательный полет, а еще и коммерческий рейс с 70 тоннами груза на борту.
Гостиница «Лайнер» стала победителем конкурса «Округ – наш дом», проводившегося Гагаринским округом, в номинации «Лучшее озеленение предприятия» за мини-альпинарий у входа в гостиницу.

2008 год
Авиакомпания «Аэрофлот-Карго» начала выполнять регулярные рейсы в аэропорт Якутск на грузовом самолете DC-10-40F. 23 марта состоялся первый рейс по маршруту Москва – Якутск – Хабаровск. Самолет привез 29,761 тонн груза.

На территории аэропорта открыт музей авиации Якутии. Музей создавался в период с 2001 по 2007г Республиканским комитетом профсоюза авиаработников РС(Я) при финансовой поддержке ГУП «Аэропорт Якутск», ОАО ВЦ «Якутавиа», ОАО ГАВС, Саха (Якутского) ОУ ВТ Росавиации Минтранса РФ. При оформлении экспозиции музея были использованы архивные материалы НАК «Сахаавиа», политического отдела ЯУГА, редакции газеты «Северная трасса», Васильева М. Е, Стефанского В. В.

Парк спецтехники пополнили новые машины. Это автолифт для доставки бортового питания и низкопольные перронные автобусы KG-B6300. Такие автобусы используются по всему миру, хотя в России Якутск стал первым аэропортом, закупившим их.

В июле на первом этаже гостиницы «Лайнер» открылся новый суши-бар. Пассажиры и жители города получили возможность насладиться всеми изысками японской и европейской кухни и хорошо отдохнуть в приятной атмосфере комфорта и уюта.

В службе спецтранспорта установлен новый эффективный водоочистительный комплекс, который позволяет значительно улучшить качество питьевой воды, поставляемой в самолеты. Мощность новых фильтров - 600 литров в час.

2009 год
22 апреля в Якутске произвел посадку легендарный военно-транспортный самолет С-130 «Геркулес». Самолет канадских ВВС выполнял полет в рамках международного договора «Открытое небо» и следовал по согласованному маршруту Брюссель (Бельгия) – Москва – Новосибирск – Улан-Удэ – Якутск. В аэропорту Якутска военный самолет дозаправился и отправился в Тикси - конечную точку своего маршрута.

30 апреля состоялось торжественное открытие после реконструкции шестого этажа гостиницы «Лайнер». Гости столицы получили возможность разместиться в одноместных номерах второй категории по цене 1500 рублей за сутки. На торжественном открытии присутствовал генеральный директор ГУП «Аэропорт Якутск» А. А. Илларионов. Первому постояльцу был вручен памятный подарок. Напомним, что в течение нескольких лет гостиница была основательно реконструирована: отремонтированы пять ее этажей, полностью заменена мебель и сантехника. Сейчас «Лайнер» - это современный отель, располагающий 130 уютными комфортабельными одно-, двух- и трехместными номерами на любой вкус и достаток.

18 мая авиакомпания «Сибирь» начала выполнять прямой регулярный рейс Якутск - Москва – Якутск на аэробусе А-310.